協会の組織は、会長、副会長、専務理事、常任理事、理事、監事によって構成されています。協会の議決機関として、総会、理事会、常任理事会があります。協会は、専門委員会を常設し、その中に設けられた委員会で協会事業を実施しています。委員会には、事業委員会、調査研究委員会、広報委員会の３つの委員会があります。専門委員会のほか、港湾海洋調査士認定事業を推進するために「港湾海洋調査士認定委員会」及び「港湾海洋調査認定技術委員会」、受託事業を的確に実施するために必要に応じて学識経験者からなる委員会が設けられています。また、各地域では、地区渉外委員が協会の窓口として活動しています。事務局専務理事、事務局長、技術部長、北海道担当部長、計測担当部長、事務職員が協会の事務を行っています。詳細と構成は、（協会組織図）を参照してください。