専門委員会は、海洋調査事業の近代化、海洋調査事業に従事する技術者の技術の向上、海洋調査事業の労働災害の防止等必要な事業に取り組むため、専門委員会を設けて、事業の円滑な運用を行っています。
専門委員会には、事業委員会、調査研究委員会、広報委員会が設けられており、必要に応じて、委員会のもとに小委員会がおかれています。
また、日本各地区で行われる協会事業を円滑に実施するため、地区渉外委員が設けられております。

事業委員会

海洋調査事業の近代化、海洋調査事業の労働災害の防止及び安全対策その他企業の経営基盤の強化に関する業務、海洋調査事業に従事する技術者の技術の向上のための研修・講習会に関する業務を行います。
事業委員会には、近代化小委員会、教育・安全小委員会のほか、中期ビジョン実行推進小委員会、プロジェクト研究会が設けられています。

調査委員会

海洋調査技術の研究、機器の開発、技術発表会、その他本会事業に係る技術に関する業務を行っております。委員会には、測量、地質、海象、環境の部門が設けられています。

広報委員会

会誌その他広報印刷物の企画編集のほか、会員及び外部に対する広報宣伝に関する業務を行います。

地区渉外委員

事業委員会の地方組織として、北海道、東北、関東、北陸、中部、近畿、四国、九州、沖縄に地区渉外委員が置かれています。